أنشأت اللجنة العليا بنية مؤسسية مستدامة يتوفر فيها القدرات والكفاءات المهنية اللازمة في ملف حقوق الإنسان، وذلك من خلال وجود أمانة فنية تضم عددًا من  الوحدات المتخصصة. وفيما يلي اختصاصات اللجنة كما جاءت في قرار السيد رئيس مجلس الوزراء المنشئ لها:

أ‌- إعداد ومتابعة تنفيذ الإستراتيجية الوطنية لحقوق الإنسان.

ب‌- متابعة تنفيذ التزامات مصر الدولية والإقليمية الناشئة عن أحكام الاتفاقيات والبروتوكولات الدولية والإقليمية ذات الصلة، وإعداد التقارير الأولية والدورية الوطنية التي تقدمها مصر إلى تلك الآليات، ومتابعة تنفيذ التوصيات الصادرة عنها.

ج‌- إعداد ملف مصر الذي يُعرَض في آلية المراجعة الدورية الشاملة أمام مجلس حقوق الإنسان بالأمم المتحدة، ومتابعة تنفيذ التوصيات التي تقبلها مصر في إطار تلك الآلية واقتراح الحلول اللازمة لتنفيذها.

د‌- دراسة المراسلات الواردة من الآليات الدولية والإقليمية وإعداد الردود عليها.

ه- اقتراح القوانين والتعديلات التشريعية المتعلقة بمجال دعم وتعزيز حقوق الإنسان.

و‌- وضع السياسات والبرامج والخطط الكفيلة برفع الوعي وبناء القدرات في مجال حقوق الإنسان.

س‌- إجراء دراسات قانونية بشأن الأبعاد القانونية للقضايا والموضوعات ذات الصلة بحقوق الإنسان.

ح‌- إعداد قاعدة بيانات تضم كافة الالتزامات القانونية لمصر بموجب نصوص الاتفاقيات الدولية والإقليمية لحقوق الإنسان.

ط- إعداد قاعدة بيانات مركزية بالتنسيق مع المراكز البحثية الوطنية والمجالس القومية المتخصصة لجمع المعلومات والبيانات والخبرات المتعلقة بمجال عملها.

ك‌- تفعيل التعاون مع الأمم المتحدة ووكالاتها المتخصصة ومع الدول والمنظمات الحكومية الدولية ذات الصلة للحصول على أشكال الدعم الفني والمالي المتاحة لمساعدة الحكومة المصرية في مجال البناء المؤسسي وبناء القدرات والتدريب في مجال حقوق الإنسان.

ل- التعاون مع الجهات الدولية والإقليمية والجهات النظيرة بغرض تبادل التجارب والخبرات فيما بينها.

م‌- إعداد تقرير سنوي حول الجهود الوطنية في كافة المجالات ذات الصلة بتعزيز حقوق الإنسان.